Marcelo Bielsa dejó su sello cuando estuvo en la Selección Argentina. Un 8 de septiembre de 1998, el "Loco" fue presentado oficialmente por la AFA y así empezaba su gran desafió, luego de haber estado en Vélez y en el Espanyol de Barcelona, entre otros clubes. Actualmente, el técnico que salió campeón a nivel local, además del "Fortín", con Newell´s Old Boys, se encuentra en el Athletic Bilbao.

Primero tuvo la Copa América de Paraguay 1999, donde fue eliminado en cuartos de final por Colombia, y luego las Eliminatorias para el Mundial Corea - Japón 2002, en el que hizo una campaña estupenda. Argentina sacó 43 puntos y terminó como líder del certamen, con doce de ventaja sobre Ecuador y con el agregado de que fue la Selección con más goles y la tercera valla menos vencida, lo que le dieron una diferencia de + 27. Todo esto hizo ilusionar a la gente por el gran nivel de un equipo que fue al torneo como gran candidato.

Sin embargo, en la Copa del Mundo de Corea - Japón 2002 todo fue diferente. El equipo llegó desgastado físicamente, ya que muchos de los jugadores habían tenido una extensa temporada en sus respectivas ligas. A su vez, el nivel no fue el esperado y en la primera fase de la competencia, la Selección se quedó afuera en la zona que compartía con Nigeria, al que le ganó en el debut, Inglaterra, con el que perdió, y Suecia, rival que lo eliminó con un empate.

A pesar de la frustración, el entrenador siguió al frente. Así, la revancha llegó en la Copa América de 2004, pero Brasil en la final le quitó el título por penales, en una final que estuvo a un paso de ganarla, ya que en el último minuto la "Verdeamarelha" lo empató para luego quedarse con el certamen desde los doce pasos. De esta manera, Bielsa se quedó con las ganas de lograr su primer título.

La revancha le tocó en los Juegos Olímpicos de Atenas 2004, donde consiguió la Medalla de Oro sin problemas, en lo que fue el primer título de la "Albiceleste" en la competencia que se lleva a cabo cada cuatro años. Con todo a favor, el técnico cerró su ciclo de manera sorpresiva, luego de la victoria por 3 a 1 como visitante ante Perú por las Eliminatorias para Alemania 2006. Los motivos fueron que estaba "falto de energía", por lo que así se cerró un ciclo de festejos y derrotas.